潔凈室建造選材重要，日常清潔消毒更重要。為了符合GMP并達到潔凈度規范，潔凈室的所有表面都應光滑和不透氣，并且不產生自身的污染，即不產生灰塵，或掉屑，耐腐蝕，易于清潔，否則會提供微生物繁殖的場所，表面應堅固耐用，不能開裂，破碎或凹陷。有各種各樣的材料可以選擇，有昂貴的達加德鑲板，玻璃等，最好的和最美觀的選擇是玻璃。
按照各級潔凈室的要求進行定期清潔和消毒，頻次可以是每次操作使用后，每天進行多次，每天，每幾天，每周一次等進行清潔消毒。建議操作臺面要每次操作后清潔消毒、地板每天消毒、墻面每周、空間每月，根據潔凈室等級和設定的標準規范進行嚴格清潔和消毒操作，并做好記錄。